声母方面的区别
福州话有15个声母，数量上和闽南话没有很大区别。声母方面，和闽南话主要的区别主要有以下几条：
1.福州方言，古日母字（大部分普通话读r的字）白读一般读[n]，闽南方言有[h]、[l/dz]、[l]、[n]等读法。如“肉”，福州[nyʔ8]，泉州[hiak8]；“日”福州话[niʔ8]，今泉州[lit8]，早期泉州和今漳州为[dzit8]。
2.部分古鼻音声母字闽南话有声母读为清擦音[h]的现象，以泉州为例子如鱼[hɯ2]、肉[hiak8]、箬[hioʔ8]、蚁[hia4]等，福州话没有这个现象,分别是[ŋy2]、[nyʔ8]、[nuoʔ8]、[ŋie6]。
3.福建省内的闽南话大多数不存在阳声韵和鼻音声母相拼的音节，但福州有，福州话读这种音节的字在闽南话中的声母一般是一个边音或者相同发音部位的带鼻冠的浊塞音，如“侬”，福州[nœyŋ2]，泉州[laŋ2]。
4.福州话有成系统的声母类化现象，闽南话没有。如“火车”二字，福州单字读分别为[huoi3] 和[tsʰia1]，但连读就会变成[huoi3 lia1]。
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韵母方面的区别
1.当代福州话只有两个辅音韵尾，也就是-ng、-h。福建省内的闽南话基本上都有七个，-h、-p、-t、-k、-m、-n、-ng。
2.古阳声韵字在闽南话中有一部分变成了鼻化韵，福州话仍然全数保留鼻音韵尾。如行 泉州读[kiã2]，福州读[kiaŋ2]。
3.福州话存在复韵尾，闽南话没有。如“悬”（高），福州[kaiŋ2]，泉州[kuĩ2]。
4.福州话存在变韵现象，这种现象闽南话中不存在。
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声调方面的区别
声调方面除了具体的调值，差异不大。不过闽东方言大多没有阳上调，闽南方言中泉州、潮州仍然有这个调类。
